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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  43 lines
  1. ***************************************
  2. * Dihydropteroate synthase signatures *
  3. ***************************************
  4.  
  5. All organisms require reduced folate cofactors  for the synthesis of a variety
  6. of metabolites.  Most  microorganisms  must synthesize folate  de novo because
  7. they lack the  active transport system of higher vertebrate cells which allows
  8. these organisms to use dietary  folates.  Enzymes  that  are  involved  in the
  9. biosynthesis of folates are therefore the target of a variety of antimicrobial
  10. agents such as trimethoprim or sulfonamides.
  11.  
  12. Dihydropteroate synthase (EC 2.5.1.15) (DHPS)  catalyzes  the  condensation of
  13. 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropteridine  pyrophosphate to  para-aminobenzoic acid
  14. to form 7,8-dihydropteroate.  This  is  the  second step  in  the  three steps
  15. pathway leading from 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin  to  7,8-dihydrofolate.
  16. DHPS  is the target  of sulfonamides which  are substrates analog that compete
  17. with para-aminobenzoic acid.
  18.  
  19. Bacterial DHPS (gene sul or folP) [1] is a protein of  about  275 to 315 amino
  20. acid residues  which  is  either  chromosomally  encoded  or  found on various
  21. antibiotic resistance plasmids. In the  lower eukaryote  Pneumocystis carinii,
  22. DHPS is the C-terminal  domain  of  a  multifunctional folate synthesis enzyme
  23. (gene fas) [2].
  24.  
  25. We developed two signature patterns for DHPS,  the  first signature is located
  26. in the N-terminal section of these enzymes,  while  the  second  signature  is
  27. located in the central section.
  28.  
  29. -Consensus pattern: [AG]-[LIVM](2)-N-[LIVM]-T-x-D-S-F-x-D
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  31. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  32.  
  33. -Consensus pattern: G-[LIVM]-x(4)-[LIVM](3)-D-P-G-[LIVMF]-G-F
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  35. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  36.  
  37. -Last update: December 1992 / First entry.
  38.  
  39. [ 1] Slock J., Stahly D.P., Han C.-Y., Six E.W., Crawford I.P.
  40.      J. Bacteriol. 172:7211-7226(1990).
  41. [ 2] Volpes F., Dyer M., Scaife J.G., Darby G., Stammers D.K., Delves C.J.
  42.      Gene 112:213-218(1992).
  43.